استاد مطهري با علوم جديد با ديدي باز و خالي از تعصب برخورد مي كردند. ايشان به بعضي از نظريه هاي علمي كه در سطح كاربردي مطرح و مورد استفاده هستند كاري نداشتند، اما به نظريه هايي كه با خلقت جهان يا انسان سروكار داشتند اعتنايي تمام داشته و بسياري از ادعاهايي را كه در سطوح بنيادين به صورت ظاهرا علمي ابراز مي شد فلسفي مي دانستند و با آنها برخورد فلسفي داشتند.
    پس از ورود علم جديد به جهان اسلام عكس العمل هايي در مقابل آن به وجود آمد. برخي با آن مخالفند چرا كه با دين مخالفت دارد. برخي نيز علم جديد را پذيرفته و سعي در هماهنگي آن با قرآن و سنت نبوي كرده اند. حتي برخي ها مانند سيد احمدخان، الهيات را بر اساس علم جديد بنا نهاده اند. مطهري ميان علم جديد و فلسفه تفاوت قائل بود. به نظري وي علم به كشف طبيعت مي پردازد و از اين حيث مطهري معتقد بود برهان نظم، حداكثر به ما نشان مي دهد كه ناظم و صانعي وجود دارد و چيز ديگري به ما نمي گويد خطاي فيلسوفاني مانند هيوم در اين است كه فكر مي كنند برهان نظم فقط جنبه علمي دارد، در حالي كه برهان نظم هم جنبه علمي دارد و هم جنبه فلسفي و غفلت از اين دو جنبه موجب پديد آمدن مشكلاتي شده است.
    امروزه همه چيز را به فرايندهاي فيزيكي و شيميايي تقليل مي دهند، اما مطهري معتقد بود اين امور هر چند لازمند اما پس از طي مقدماتي بايد از آن استفاده كرد و يافته هاي علمي را بايد از باورهاي فلسفي كه پيرامون آن وجود دارد تفكيك كرد.
    علت تعارضات ميان علم و دين ناشي از دوگروه متدينان كژانديش و علماي علوم محض كه مفروضات مادي گرايانه خود را مبنا قرار داده اند، است. ويژگي مهم مطهري كه متاسفانه در ميان معاصران كمتر مشاهد مي شود اين است كه وي همواره به دنبال مباني مباحث و مسائل بود.
     
 روزنامه اعتماد، شماره 2383 به تاريخ 12/2/91، صفحه 9 (انديشه)